Gereja Kristen Indonesia (GKI) dapat dikatakan sebagai sebuah “gereja baru” di Indonesia sebagai buah penyatuan dari GKI Jawa Barat, GKI Jawa Tengah, dan GKI Jawa Timur.
Berdirinya GKI melewati perjalanan sejarah yang panjang, dimulai dengan berdirinya ketiga gereja yang menyatu itu sebagai gereja yang berdiri sendiri-sendiri. Pada tanggal 22 Februari 1934 di Jawa Timur berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Timur. Demikian juga, pada tanggal 24 Maret 1940 di Jawa Barat berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Barat, dan pada tanggal 8 Agustus 1945 di Jawa Tengah berdirilah gereja yang kemudian disebut GKI Jawa Tengah.
Awalnya, ketiga gereja ini dikenal dengan nama Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee (THKTKH) yaitu gereja berbahasa Hokian. Gereja THKTKH di Jawa Tengah dan Jawa Timur didirikan oleh Zending dari Belanda (Nederlandsche Zendings Vereeniging) sedangkan di Jawa Barat diawali oleh penemuan sebuah Alkitab berbahasa Melayu oleh Bapak Ang Boen Swie di tahun 1858.
Nama Gereja Kristen Indonesia sendiri mulai digunakan pada tahun 1950. Penetapan nama ini menunjukkan kesadaran GKI untuk dapat menjalankan misi dan panggilannya secara nasional, tidak lagi terikat pada suku tertentu saja.
Sejak tanggal 27 Maret 1962 ketiga gereja itu memulai upaya menggalang kebersamaan untuk mewujudkan penyatuan GKI, dalam wadah Sinode Am GKI. Sesudah melewati perjalanan hampir tiga dekade lamanya, pada tanggal 26 Agustus 1988 ketiga gereja tersebut diikrarkan menjadi satu gereja.
